药物流产会引起感染
妇女服用抗孕药物后，子宫腔内的胚囊组织可在当天排出，有时妊娠组织物排出不全，子宫膜复旧欠佳，阴道出血时间较长。可持续2~3周，甚至1~2个月，长期慢性失血可引起贫血，使身体抵抗力下降。这时，细菌往往由阴道逆行，而引起子宫内膜炎症。
药物流产会导致不完全流产
有的妇女用药后因不完全流产，影响子宫收缩及子宫内膜创面的修复，使阴道流血量明显增多，超过平时月经量的2~3倍。严重者还可出现大出血，导致贫血，休克，此时需输血并紧急手术刮宫止血等。
药物流产会影响以后的正常妊娠
未婚妇女如反复妊娠，反复流产，可造成子宫内膜反复受损。由于子宫内膜有损伤，一旦她们需要正常妊娠，易发生前置胎盘，可引起产前大出血，也有些妇女由于多次药流或人工流产而出现习惯性流产。
药物流产会导致女性月经失调
抗孕药物可以抑制卵泡的生长发育甚至排卵。个别妇女后，可发生月经失调，表现为月经周期缩短或延长，月经量增多等症状。
药流不当会危及生命
很多女性因为药流不全，影响子宫收缩及子宫内膜创面的修复，使阴道流血量明显增多，严重者可出现大出血，如果不及时处理很容易有生命危险。
药物流产的其他并发症
1、出血：平均出血时间为半个月左右，有的长达1~2个月之久。
2、腹痛：多数患者于口服米索前列醇后1小时左右出现下腹疼痛或坠胀感及腰酸、痛症状。
3、失血性休克：极少数病人因不全流产。而使子宫持续出血不止或反复大量出血而引起失血性休克。这是药物流产的最严重并发症。
4、药物副作用大：药流会打乱女性内分泌，对卵巢功能有极大的伤害。选择药流后多数女性发现自己月经变的不再规律，月经不是提前就是延后，而且月经量明显增多。