1.医保参保人员报销程序如下：参保农民持新农合证到定点医疗机构门诊就诊，直接到定点医疗机构就诊。按照《新型农村合作医疗制度证书》家庭门诊账户现有金额，减免医疗费用，超出部分由参合农民自行支付。定点医疗机构应及时与农业医疗机构结算。
2.农民在市县乡定点医疗机构就医的，由定点医疗机构直接补偿。对定点医疗机构发生的医疗费用进行审核，按实施办法规定的标准预付补助金额。
3.农民在省级定点医疗机构和非定点医疗机构住院的，由乡镇农合医疗机构给予补偿。住院医疗费用在2000元以内(含2000元)的，由乡(镇)农合医疗机构一次性报销。报销金额2000元以上须经乡(镇)农医机构或县农卫局审批后方可报销。
4.申请赔偿时需要携带本人身份证、户口本、《新农合证》(这三证原件审核后留存备案)、有效住院发票、出院小结(或病历)、费用清单、医疗机构转诊证明。
5.患门诊大病(慢性病)的参合农民，应在规定时间内(一般为每年7、12月份)携带本人身份证、户口本、《新农合证》、门诊发票及清单、门诊病历、检查报告、二级以上医院或专科医院的门诊大病(慢性病)证明到乡(镇)农诊所就诊。
6.对于参加过商业保险的参合农民和参加过学生医保的学生，出院时既需要商业保险赔付，也需要新农合补偿。参合农民应先将发票原件及发票复印件交县级农医所或定点医疗机构核实后进行赔偿，再将发票原件交商业保险公司。发票复印件由农业医疗机构或县级定点医疗机构保管，但外伤患者只能凭原件报销(学生除外)。
7.住院费用在出院后三个月内结算，超过三个月的免赔。根据实施办法，农合医疗机构应在10个工作日内向参合农民支付标准补偿。