1.材料不同：云南红茶的鲜叶是“云南大叶”茶。云南主产区位于滇西南澜沧江以西、怒江以东的高山峡谷地区，包括临沧的凤庆县、版纳的勐海县、保山的双江县和昌宁县。这些地区茶叶生长环境的土壤以砖红壤、砖红壤为主，土质疏松，腐殖质层深厚，因此茶叶富含物质。以凤庆大叶茶为例，一芽二叶蒸青绿茶含茶多酚30.19%，儿茶素134.19 mg/g，氨基酸2.90%，咖啡因3.56%，水浸出物45.83%。祁门红茶的鲜叶是“米槠”茶。米槠是一种具有椭圆形或长方形叶子和柔软叶子的茶。一芽二叶蒸青绿茶检测数据显示，多酚含量为31.11%，水浸出物含量为44.72%，总儿茶素含量为146.59mg/g，总氨基酸含量为5.42%。米槠茶含量丰富，酶活性高，也适合做绿茶。
2.干茶的外形特征各不相同：云南红茶体骨坚实，色泽深红或红褐色且均匀，露绒。以南佳人的《鸿雁》为例。这种茶是用临沧凤庆大叶茶的孢子制成的。它的条纹肥而结实，颜色为红棕色，金色的毛发引人注目。祁门红茶，紧绳前苗，茶形细腻紧实，苗色鲜艳，色泽深沉。
3.香气不同：云南红茶香气高亢浑厚。果香明显，浓而不艳，有种清爽的感觉。祁门红茶香气浓郁，以蜂蜜和水果为主，上品祁宏有淡淡的兰花香，被茶界称为“祁门香”。
4.口感不同：云南红茶的茶汤红色、透明、明亮，金色圆圈突出。其口感丰富饱满，刺激性强，回味清新爽口。另外，云南红茶适合制作拼配茶，口感特点是：浓、浓、鲜。比如加了牛奶之后还是有很浓的茶香，奶香和茶香相得益彰。