1.牡丹籽油的主要脂肪酸是亚麻酸，约占45%，其次是亚油酸和油酸，分别占25%和22%，而亚麻籽油的主要脂肪酸是亚麻酸，占55%，油酸和亚油酸分别占20%和16%。
2.牡丹籽油和亚麻籽油都以生育酚为主。牡丹籽油的生育酚含量为823.61 ~ 963.17毫克/千克，而亚麻籽油的生育酚含量仅为487.75毫克/千克。
牡丹籽油：
牡丹籽油又称牡丹油，是从牡丹籽中提取的木本坚果植物油。以牡丹籽为原料，经压榨(或亚临界生物技术)、毛油过滤、脱色、脱臭、脱蜡、精密过滤等工艺制成。特征包括光指数、相对密度、碘值和脂肪酸组成。质量指标分为一级和二级成品油质量指标，包括颜色、气味、味道、透明度、水分和挥发物、不溶性杂质、过氧化值和溶剂残留。2013年9月，菏泽和菏泽牡丹产业化龙头企业共同制定的《牡丹籽油》行业标准，首次量化了牡丹籽油的技术要求、生产工艺和检验方法，为今后牡丹籽油的生产树立了“标杆”。2014年11月26日，牡丹籽油行业标准首次在全国范围内发布，规定其“亚麻酸含量不得低于38%”。003010标准全面规范了牡丹籽油的技术要求、生产工艺、检验方法等指标。例如，标准中的技术要求包括特性指标、质量等级指标、卫生指标和其他。