1.蜜源不同：荔枝蜜和龙眼蜜的蜜源完全不同，其中荔枝蜜的蜜源植物是荔枝，属于无患子科荔枝属。在一个荔枝花期，每个蜜蜂生产群可产荔枝蜜20 ~ 40公斤左右，而龙眼蜜的蜜源植物是龙眼，属于无患子科龙眼属。在一个龙眼花期，每个蜜蜂生产群可生产约40 ~ 60公斤龙眼蜜。
2.产地不同：荔枝蜜和龙眼蜜产地不同。其中，荔枝蜜的产地是荔枝树的集中分布区，特别是广东、福建、广西、云南、四川和贵州，而龙眼蜜的产地是龙眼树的集中分布区，主要是福建、广东、广西、台湾省和海南。
3.外观差异：荔枝蜜与龙眼蜜外观略有不同，其中荔枝蜜多为琥珀色粘稠液体形态，具有荔枝特有的浓郁花香，易结晶，结晶后呈细腻的乳白色，而龙眼蜜多为琥珀色或深琥珀色，具有龙眼特有的浓郁花香，结晶后不易结晶，呈琥珀色较粗糙。